后，宇宙中又出现了一种新的威胁。一种名为“黑暗病毒”的神秘物质开始在宇宙中传播。这种病毒能够侵蚀奥特曼的身体和意志，让他们变成失去理智的黑暗战士。许多星球上的奥特曼都受到了感染，整个宇宙陷入了一片混乱。

奥特之父得知这一情况后，立刻召集所有的奥特战士，商讨应对之策。希卡利经过研究发现，这种黑暗病毒与之前遇到的黑暗力量有着密切的联系，可能是黑暗势力为了报复而制造的。为了阻止黑暗病毒的传播，奥特战士们决定分成多个小组，前往各个星球寻找治疗方法和对抗黑暗病毒的方法。

翔太、赛罗和希卡利组成的小组被派往一个受到黑暗病毒感染最为严重的星球。这个星球上的奥特曼们已经失去了理智，疯狂地攻击着一切。翔太、赛罗和希卡利刚一降落，就遭到了一群感染奥特曼的攻击。

赛罗和翔太立刻变身迎敌，希卡利则在一旁寻找机会，分析黑暗病毒的结构。战斗中，翔太发现这些感染奥特曼的力量虽然强大，但他们的动作却有些迟缓。他意识到，这可能是黑暗病毒的一个弱点。于是，他施展出神秘融合徽章的技能，释放出一种能够减缓敌人动作的光线，为赛罗创造攻击机会。

赛罗利用翔太创造的机会，施展出各种强大的光线技能，将感染奥特曼们打得节节败退。然而，感染奥特曼的数量实在太多，他们似乎无穷无尽地涌来。就在赛罗和翔太感到有些吃力的时候，希卡利终于找到了黑暗病毒的弱点。

希卡利发现，黑暗病毒对一种特殊的光线频率非常敏感。只要用这种光线频率照射感染奥特曼，就能够破坏黑暗病毒的结构，从而治愈他们。希卡利将这一发现告诉赛罗和翔太，两人立刻开始调整自己的光线技能，使其发出符合要求的光线频率。

在希卡利的指挥下，赛罗和翔太发射出一道道特殊的光线，照射在感染奥特曼身上。感染奥特曼们在光线的照射下，身体开始发生变化。黑暗病毒逐渐从他们的身体中被剥离出来，他们的理智也逐渐恢复。经过一番努力，赛罗和翔太终于成功治愈了这个星球上的所有感染奥特曼。

然而，他们知道，这只是一个开始。黑暗病毒还在宇宙中继续传播，他们必须尽快找到彻底消灭黑暗病毒的方法。在接下来的日子里，翔太、赛罗和希卡利继续在宇宙中奔波，寻找治疗黑暗病毒的方法。他们走访了许多星球，与各个星球上的科学家和奥特曼们合作，共同对抗黑暗病毒。

在一次探索中，他们发现了一个隐藏在宇宙深处的神秘遗迹。这个遗迹中似乎隐藏着关于黑暗病毒的重要信息。翔太、赛罗和希卡利进入遗迹后，发现里面布满了各种机关和谜题。他们小心翼翼地解开这些谜题，通过一道道机关，终于来到了遗迹的核心区域。

在核心区域，他们发现了一块巨大的水晶。水晶中蕴含着一种强大的能量，这种能量似乎能够克制黑暗病毒。希卡利经过研究发现，这块水晶是一种古老的宇宙神器，它拥有净化一切黑暗力量的能力。只要将水晶的能量释放出来，就能够彻底消灭黑暗病毒。

然而，要释放水晶的能量并不容易。水晶被一层强大的能量护盾所保护，而且周围还设置了许多强大的防御机制。翔太、赛罗和希卡利决定分工合作，翔太负责破解能量护盾的密码，赛罗负责抵挡可能出现的敌人，希卡利则负责研究防御机制，寻找关闭它们的方法。

在破解密码的过程中，翔太遇到了许多困难。密码涉及到古老的宇宙知识和复杂的数学运算，需要极高的智慧和耐心。但翔太并没有放弃，他凭借着自己的努力和希卡利的帮助，终于找到了密码。当他输入密码后，能量护盾上出现了一个缺口。

赛罗趁机冲向水晶，准备摧毁防御机制。就在这时，一群黑暗战士突然出现。这些黑暗战士是黑暗势力派来守护水晶的，他们的实力非常强大。赛罗立刻与黑暗战士们展开战斗，施展出各种强大的技能，将黑暗战士们打得节节败退。

希卡利则在一旁紧张地研究防御机制。他发现，防御机制是由一个复杂的能量系统控制的，只要破坏这个能量系统的核心，就能够关闭防御机制。希卡利利用自己的科技装备，找到了能量系统的核心，并成功地将其破坏。

随着防御机制的关闭，赛罗顺利地来到了水晶面前。他集中所有的能量，发射出一道强大的光线，击中了水晶。水晶受到攻击后，开始释放出强大的能量。这股能量以水晶为中心，向着整个宇宙扩散开来。在能量的照耀下，黑暗病毒纷纷被净化，消失得无影